pois claro que já me aconteceu,e acontece muito nos E39,no meu caso era o forro isolante do interior da porta traseira que estava descolado,quando chovia a agua escorria por dentro da porta e saía mesmo junto á base(junto onde está a lampada que acende e ilumina o chão quando se abre a porta),o resultado eram os tapetes de trás todos molhados desse lado do carro.
andei de um lado para o outro a tentar ver onde estava a fuga,as borrachas estavam boas,e a porta estava toda seca,nas uniões e em todo o lado não via de onde podia estar a entrar a agua,já que estava tudo seco,vê esta imagem de uma porta igual á dos nossos carros:
ora bem,o que é que temos aqui?
a vermelho tens a zona onde a agua entra para dentro do carro.
quando fechas a porta essa zona onde está a lampada(zona assinalada a vermelho),fica já no interior do carro,ou seja,para alem das borrachas,por isso mesmo é por aí que a agua entra,a agua vem pela porta abaixo(pelo interior da mesma,por isso é que não vez qualquer agua),e desce até abaixo acabando por entrar sair na zona que assinalei a vermelho e molhando os tapetes do carro.
as riscas a verde são as borrachas,o mais provavel é as borrachas estarem boas,mas verifica se as mesmas não estão cortadas ou ressequidas,na porta e na zona onde está o circulo vermelho,tambem tens borrachas,vê se as mesmas estão boas,como podes ver a porta tambem ela tem borrachas a toda a sua volta,verifica se estão todas em condições.
caso esteja tudo bem ao nivel das borrachas,então posso-te garantir que o problema é este que eu disse(o forro isolante interior da porta descolado),e tenho quase a certeza que tens as borrachas boas e que o problema é mesmo daí,é costume isso acontecer nos E39.
para solucionar isso tens que desmontar o forro da porta para conseguires aceder ao forro isolante que está no interior,o forro interior deve estar colado de alto abaixo de toda a porta,para impedir que a agua entre,,contudo e por vezes por acção do calor e depois da agua,acaba por descolar,principalmente na parte superior,fazendo com que a agua acabe por entrar para o interior do carro na tal zona assinalada a vermelho,é um problema simples de resolver e sem grandes dores de cabeça,no meu caso as dores de cabeça são na desmontagem do forro da porta,é que experimentei duas vezes em outros bmw e acabei por partir os encaixes que são de plastico,pessoalmente não gosto de mexer em portas,por isso mesmo quando tive esse problema igual ao que tu tens,meti o carro na marca e ficou 5 estrelas,já lá vão 3 anos e nunca mais houve entradas de agua :fixe
faz o download deste ficheiro que eu coloquei à disposição de todos,contem muita informação sobre os E39 e tem uma secção dedicada á desmontagem da porta(é sobre uma porta da frente,mas dá para teres uma ideia de onde estão as fixações e como fazer o serviço):
http://www.megaupload.com/?d=FZCINUPW